作者，Evil Genius今天我们来实现虚拟筛选。第一步，处理蛋白质PDB文件，注意这时候的PDB分子已经进行了去水处理（pymol），其中去除水分子的注意事项。当PDB文件中含有水分子时，必须将其删除，否则会严重影响对接结果的准确性。水分子的存在会带来两个核心问题：物理位阻：水分子会占据结合口袋的空间，导致配体分子无法正确进入。能量计算错误：对接软件会将水分子视为蛋白的一部分，产生虚假的氢键和排斥力。正确处理流程正确做法是：在生成PDBQT文件前，删除所有水分子（通常以 HOH 或 WAT 标识），但需保留可能对催化或结合至关重要的结构性水分子（数量极少，通常≤3个）。推荐流程：使用PyMOL或Chimera等可视化软件查看结构，定位结合口袋。删除所有非关键水分子。保留关键水分子：判断依据可查看同源蛋白结构文献，或通过PyMOL观察该水分子是否与蛋白/配体形成稳定氢键网络。保存为新的PDB文件，再用于生成PDBQT。去除水分子的前后对比去水前